ในช่วงทศวรรษที่ผ่านมา

นักวิจัยที่ทำงานเกี่ยวกับ HGP ได้พยายามจัดลำดับและประกอบจีโนมมนุษย์โดยใช้โครโมโซมเทียมจากแบคทีเรียเป็นหลัก (BACs) ลำดับเบสของมนุษย์ตามลำดับ 100 กิโลเบสที่ถูกถ่ายโอนไปยังแบคทีเรีย จากนั้นจึงขยายขนาดโดยการเพาะเชื้อแบคทีเรีย . จีโนม  กระบวนการแยกจีโนมมนุษย์ออกเป็น BAC นั้นลำบาก แต่ก็ลดปัญหาการประกอบจีโนมให้อยู่ในระดับที่จัดการได้ ซึ่งใกล้เคียงกับขนาดของจีโนมของไวรัสและแบคทีเรียที่ประกอบสำเร็จก่อนหน้านี้โดยใช้การจัดลำดับ Sanger แบบดั้งเดิม (ดูภาพประกอบ )  ในปี 2544 HGP เผยแพร่ร่างลำดับจีโนมมนุษย์เพื่อเสียงไชโยโห่ร้องและความตื่นเต้น อย่างไรก็ตาม ตามชื่อที่บอกเป็นนัย จีโนมนี้ยังห่างไกลจากผลิตภัณฑ์สำเร็จรูป ประการแรก แบบร่างกำหนดเป้าหมายเฉพาะลำดับยูโครมาติกของจีโนม ดีเอ็นเอที่เก็บอยู่ภายในนิวเคลียสด้วยวิธีที่อัดแน่นอย่างหลวมๆ ในทางกลับกัน ลำดับเฮเทอโรโครมาติกซึ่งอัดแน่นที่บริเวณรอบนอกของนิวเคลียส มีลักษณะของการทำซ้ำในระดับที่รุนแรง และถือว่ายากเกินไปที่จะประกอบเข้าด้วยกัน ตามคำอุปมาปริศนา ลองนึกภาพว่าพยายามสร้างพื้นที่ขนาดใหญ่ที่มีท้องฟ้าสีคราม ข้อจำกัดอีกประการของจีโนมร่างเริ่มต้นของ HGP คือครอบคลุมเพียง 94 เปอร์เซ็นต์ของลำดับยูโครมาติก ลำดับจีโนมถูกกระจายด้วยช่องว่าง 150,000 ช่องซึ่งไม่สามารถระบุลำดับได้ ในบางกรณี,